· 深圳市慈善事业联合会的最高权力机构是会员大会。会员大会下设理事会作为其执行机构，在闭会期间领导深慈联开展日常工作；会员大会下设监事会作为其监督机构，在闭会期间依照法律法规和本会章程行使监督职责。理事会和监事会均对会员大会负责。

· 深圳市慈善事业联合会的日常办事机构为秘书处，由秘书长领导，负责执行会员大会、理事会决策事项，处理本会的日常事务。

· 深慈联秘书处设置深慈联秘书处设置综合管理中心、会员服务中心、发展研究中心三个部门，分别负责日常行政与人事财务工作、会员服务与发展工作、项目研发与实施拓展工作、信息存储维护与对外宣传工作、会员及行业培训工作和慈善行业服务工作。